А какие книги Вы имеете в виду? Насколько мне известно, диакритика в шлоках никуда не делась и в новейших изданиях. Могут быть исключения - кулинарные книги или "популярные" книги типа "Махабхараты", но в книгах Прабхупады шлоки остаются в прежнем виде. Или я что-то пропустил?